Първата жалба е с дата 4-ти октомври 2016 г. и е внесена в Административния съд - София град. С нея се атакува решението на Академичния съвет от 20-ти септември 2016 г. за приемане на предложение до Общото събрание за състав на Изборна комисия по избора на нов ректор и за определяне на състава на Комисия по кандидатурите. В жалбата се посочва, че Академичният съвет е свикан от първия заместник-ректор, което е нарушение на Правилника на университета и на Закона за висшето образование, защото той се свиква единствено и само от неговия председател, който е ректорът на университета. По жалбата е образувано административно дело.

Втората жалба е от 11-ти октомври 2016 г и е срещу процедурата на насрочване, свикване и провеждане на Общото събрание.

Проф. Миланова отбеляза, че основните нападки срещу нея са били, че е спряла редица обществени поръчки във ВУЗ-а. „Това не е истина”, категорична бе тя и допълни, че процедурите е трябвало да бъдат „изчистени”, за да могат да продължат. Проф. Миланова даде пример със сградата на бившия стол №8, която е трябвало да бъде съборена и на нейно място да се издигне комплекс, помещаващ администрацията на МУ - София. Собствеността на сградата обаче е била публично-държавна и без промяната й би се допуснало сериозно нарушение, обясни Миланова. След намесата й статутът ще бъде сменен на публично-частен, за да може да продължат строителните дейности.

Другата голяма обществена поръчка – строежът на общежитието на МУ - София, също не е прекратена, увери проф. Миланова. Тя е временно спряна, защото на мястото, определено за нов строеж, се намират медицинският център на Белодробната болница и кислородната инсталация. Тоест, всичко това трябва да се изчисти, за да може да продължи, посочи Миланова.

По думите й продължава и ремонтът на аудиторията в „Майчин дом“.

По отношение на приема на студенти във ВУЗ-а, тя увери, че е спряла само тези практики, които са в закононарушение и за които е препоръчано спиране в одитния доклад на МОН. Миланова подчерта, че в момента в МУ-София има кандидатствали и записани повече студенти в сравнение с миналата и по-миналата година. „Дори трябва да спрем с приема, защото капацитетът е прехвърлен и в момента се водят разговори с просветното министерство той да бъде увеличен, за да могат да се приемат повече студенти”, обясни тя.